O Convento de S. Miguel de Trás-do-Outeiro (freguesia do Concelho de Óbidos) foi mandado construir pelo Cardeal Infante D. Henrique, através de Bula Papal de Pio V. A escolha do local ficou a dever-se à passagem de D. Henrique pela Lagoa de Óbidos, quando se dirigia a Alcobaça. Neste Convento viria a instalar-se a Ordem de S. Francisco.
A primeira pedra do Convento de Trás do Outeiro foi lançada no dia 29 de Setembro de 1569 e a obra foi entregue ao provincial da Arrábida, Frei Damião da Torre.
O Convento de S. Miguel de Trás-do-Outeiro, uma humilde construção pertença dos frades capuchos da província da Arrábida, era semelhante aos conventos daquela Ordem que, sob mecenato real ou particular, surgiram por todo o país, nos séc. XVI e XVII.
No início do séc. XVII, os frades abandonaram o Convento, por se queixarem do sítio, dos seus ares ruins e do excesso de mosquitos, situação agravada a partir de 1590, por não se ter procedido à drenagem dos rios da Várzea da Rainha, onde se situava o Convento.
No dia 20 de Outubro de 1602, na presença do provincial Frei Rodrigo de Deus, foi lançada a primeira pedra da edificação do novo templo dedicado ao Arcanjo S. Miguel.
Os seus primeiros padroeiros foram D. Dinis de Lencastre, alcaide-mor de Óbidos e sua mulhe
r, D. Isabel Henriques, que incrementaram a nova. O novo Convento deveria albergar, inicialmente, treze frades.
O novo Convento, situado entre a Quinta do Vale das Flores e o lugar das Gaeiras, virado para Óbidos e à distância de 1/4 de légua da Vila beneficiava, agora, de um local sadio, bem arejado e com excelentes águas. Era uma zona plana e baixa, desfrutando de uma vista panorâmica da vertente este da vila de Óbidos e de um clima apropriado à agricultura, actividade a que os frades se dedicavam.