 Após a extinção das Ordens Religiosas, o património do Convento de S. Miguel das Gaeiras foi vendido, em hasta pública, à família Gama, proprietária da Quinta das Janelas (Gaeiras). Ficou no património da família durante várias décadas, sabendo-se que, em 1955, pertença de Luís Xavier da Gama, o Convento se encontrava reparado, realizando-se ainda algumas celebrações na Igreja de S. Miguel. Da família Gama o Convento de S. Miguel passou para as mãos da Câmara Municipal de Óbidos, sua proprietária até 1994.
A 27 de Julho de 1994 a Associação de Municípios do Oeste adquiriu o Convento de São Miguel das Gaeiras, tendo dado inicio às obras de reabilitação, recuperação e restauro a 22 de Abril de 1998.
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