A primeira fase da obra foi dedicada à limpeza do Convento e zonas envolventes que se encontravam cobertas de vegetação, existiam, inclusive, heras infiltradas entre o reboco e a parede. Nesta fase foram também abertos vãos que haviam sido fechados pela Câmara Municipal de Óbidos, como medida de protecção contra intrusões. 
Verificou-se existirem fissuras nas paredes e, após uma limpeza dos carregos, foi possível fazer uma análise mais pormenorizada da construção. Nalguns casos a solução passou por rectificar e aproveitar elementos arquitectónicos, noutros optou-se por demoli-los, por motivos de segurança, reconstruindo de acordo com o original, como foi o caso da abóbada da cripta, construída de raiz. Todos os elementos de cantaria foram mantidos, o mesmo se passando com os vãos, com excepção de alguns que tiveram de ser adaptados, caso do refeitório.
A primeira cripta do Convento foi posta a descoberto após uma derrocada a nível do segundo piso, na zona das celas, que arrastou o 1º piso e, consequentemente, o tecto de uma sala inferior, destruindo por completo um Retábulo existente. Perante a descoberta de uma nova sala, a nível da cave, optou-se por a deixar à vista, colocando-se-lhe um vidro de forma a proporcionar aos visitantes uma visão abrangente. A abóbada foi reconstruída de raiz, com base nas técnicas e materiais antigos. Nesta sala descobriu-se uma peça de cerâmica, um vaso verde vidrado e perfurado na sua base, que se diz ter sido usado para guardar as vísceras do infante D. Francisco, na altura da sua morte, em 1742.
No decurso da obra foi descoberta, ainda, uma outra cripta situada debaixo do soalho do altar-mor da Igreja.
O altar-mor da igreja foi reconstituído na íntegra, incluindo a pintura na madeira.
Na sacristia menor, na altura da recuperação do altar, detectaram-se pinturas anteriores à identificada, tendo-se optado por preservar a decoração original.
Na sacristia maior, existe um retábulo em terracota muito danificado pelas heras infiltradas entre a terracota e a parede. O retábulo foi restaurado, tanto quanto possível, dado o seu avançado estado de degradação.
Na portaria encontra-se um conjunto em terracota, com a representação da Morte de S. Francisco, representada por figuras à escala quase natural, de que hoje apenas restam fragmentos.
voltar